ChinaFLUX持续推动和开展了科学数据的共享。通过离线申请、在线下载和网络共享等多种方式为国内外科研团队提供数据服务，直接支撑了一系列国家重大科技任务的顺利开展。同时，ChinaFLUX探索和发展了数据共享的新途径。2019和2021年，ChinaFLUX以在《中国科学数据》上先后推出了《中国区域陆地生态系统碳氮水通量及其辅助参数观测专题》和《中国通量观测研究网络（ChinaFLUX）专题》，以数据论文形式发布了两批共享数据集。据不完全统计，ChinaFLUX发布的共享数据集受到了广泛重视，总浏览量和总下载量分别达到15.14万次和5200余次，不仅有效推动了数据共享以提高其潜在科学价值，而且收到了很好的社会效果。
为了持续推进我国科学数据的交流与共享，在ChinaFLUX站点的支持下，于ChinaFLUX成立20周年之际组织并推出《中国通量观测研究网络（ChinaFLUX）20周年专刊》。此专题计划发表27篇数据论文，分两期出版，包括农田、草地、湿地、荒漠、森林、喀斯特和养殖塘等不同下垫面涡度相关碳水通量观测数据集论文21篇，以及土壤通量、生物量和大气硅沉降等数据集论文6篇。
自2021年4月，ChinaFLUX已通过生态网络云平台（http://www.nesdc.org.cn）发布碳水通量、干湿沉降、生产力等各类观测、研究数据集106个，累计数据量5.4GB。
数据在线下载链接：
http://www.nesdc.org.cn/theme/index?projectId=612458897e28172cbed3d77a
(2003-2010年第一批共享数据)
http://www.nesdc.org.cn/theme/index?projectId=64e80ed07e2817429fbc7b09
(20周年专题数据集)
(部分站点数据尚未纳入共享数据集，如有需求请与台站负责人直接联系)